In 1988 verliet de laatste zuster het klooster. De slaapzalen van de zusters werden omgebouwd tot gastenverblijven en de schoolgebouwen tot appartementen. Een toegewijde lekengemeenschap (christelijk collectief dat niet tot een bepaalde orde behoort) hield daarna de kloosterlijke functie van het historische en betekenisvolle pand in stand.

Vervolgens namen in 2007 de Broeders van Sint Jan hun intrek in het Willibrordushuis. Vanuit hier organiseren zij lezingen, retraites en kampen, ontvangen zij gasten en gaan zij voor in de mis in de Jacobuskerk en de Parkstraat. De gebedscyclus bepaalt de structuur van de dag. Deze vindt plaats in de schitterende huiskapel in art deco-stijl. 

De Broeders besloten ook dat zij deze plek niet voor zichzelf wilden houden. Een ontmoeting tussen pater Thomas en Kees leidde tot het idee om door het brouwen van een kloosterbier de drempel van het klooster te verlagen. Samen met brouwer Jelger, brouwbroeders Benedict, Clemens, Johannes Paulus en Joseph Martin en vrijwilligers Per, Ton en Cor z.g. werd de basis voor de kloosterbrouwerij gelegd.

In september 2025 hebben de Broeders van Sint Jan besloten hun (missionerings)activiteiten te verplaatsen en het Haagse Willibrordushuis te verlaten.

Thans wordt onderzocht wie de bewoning van dit unieke klooster zal overnemen. Wordt het een nieuwe orde of congregatie, wellicht een lekengemeenschap. Gezien de bestendige geschiedenis van deze bijzondere plaats, hebben wij alle vertrouwen in de toekomst.